Paska adanya pelarangan terbang untuk semua jenis pesawat Komersil di Indonesia mulai 24 April 2020 – 1 Juni 2020 maka dari itu segala aktifitas penerbangan komersil baik domestik dan International di Indonesia pun dihentikan tidak terkecuali di Bandara Adisutjipto Yogyakarta.
Nantinya hanya ada beberapa penerbangan yang masih diperbolehkan terbang tentunya untuk kepentingan negara seperti penerbangan untuk wakil negara atau pejabat negara dengan kepentingan negara, penerbangan guna mendukung penghentian dan penanganan penyebaran virus Covid-19, penerbangan guna pemulangan WNI/WNA yang kedaerah masing-masing, serta juga pesawat logistik/ kargo.
Kegiatan operasional di bandara pun tidak tutup karena bandara masih tetap melayani beberapa penerbangan-penerbangan untuk barang dan kepentingan khusus. Namun situasi bandara nampak sepi hanya terlihat beberapa kru pesawat dan bandara yang masih melakukan aktifitasnya hari ini.
