Awal pendirian Museum Gumuk Pasir diprakarsai adanya Perjanjian Kerjasama antara Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional (Bakosurtanal) bersama Fakultas Geografi Universitas Gadjah Mada (UGM) pada tahun 2001, dengan tujuan untuk pelestarian keberadaan Gumuk Pasir Barchan di Parangtritis. Berawal dengan nama LGPP, keberadaan LGPP untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang data dan informasi lingkungan serta sumberdaya wilayah sesuai dengan perjanjian kerjasama yang diperbaharui pada tahun 2007.
Hingga pada tahun 2015, Laboratorium Geospasial Pesisir Parangtritis berganti nama menjadi Parangtritis Geomaritime Science Park (PGSP). Perjanjian kerjasama yang terjalin diperbaharui pada tahun 2016 dengan memperkuat keberadaan Museum Gumuk Pasir. Salah satu misi PGSP adalah melakukan riset kolaboratif dan melakukan komersialisasi hasil riset untuk meningkatkan peran Museum Gumuk Pasir sebagai sarana pembelajaran. Berbekal adanya perjanjian kerjasama antara Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta, Badan Informasi Geospasial (BIG), Universitas Gadjah Mada (UGM), dan Pemerintah Kabupaten Bantul, saat ini Museum Gumuk Pasir menjadi bagian dari Parangtritis Geomaritime Science Park dalam pengelolaan dan pengembangan terkait hasil-hasil riset, pengetahuan geospasial, serta wawasan dalam bidang kepesisiran dan kemaritiman. Berlokasi di Kawasan Kagungan Dalem Gumuk Pasir semakin meneguhkan Museum Gumuk Pasir untuk memberikan edukasi utamanya mengenai Gumuk Pasir.
sumber : pgsp.big.go.id