Gua Braholo berada di Dusun Semugih, Desa Semugih, Kecamatan Rongkop, Gunungkidul atau sekitar dua jam perjalan menggunakan kendaraan bermotor dari pusat Gunungkidul. Namun siapa sangka gua yang sebelumnya tidak pernah terdengar ini ternyata pernah menjadi saksi bisu kehidupan manusia purba.
Untuk menuju lokasi Gua Braholo, pengunjung harus berjalan menaiki beberapa anak tangga karena lokasinya yang berada di lereng bukit dengan ketinggian sekitar 357 mdpl. Sesampainya di mulut gua, suasana sunyi dan teduh akan menyambut para pengunjung.
Kondisi gua cukup luas dengan batuan stalaktit di langit-langit dan stalagmit di bagian bawah. Tinggi langit-langit gua lebih dari 15 meter sehingga tampak terang bila sinar matahari masuk. Lantai gua sebagian besar tanah dengan lebar ruangan kurang lebih 39 meter dengan panjang 30 meter. Luas keseluruhan gua sekitar 1.172 meter persegi.
Kedalaman gua berbeda-beda akibat proses ekskavasi yang dilakukan oleh para peneliti pada tahun 1994 sampai 2000. Dari informasi yang tertera di depan mulut gua, proses ekskavasi tersebut dilakukan oleh Pusat Penelitian Arkeologi Nasional Jakarta yang dipimpin oleh Prof Truman Simanjuntak.
Dalam proses ekskavasi ini ditemukan beberapa tembikar, sisa biji-bijian hingga sisa-sisa fauna seperti rusa, monyet ekor panjang, musang, bahkan kulit kerang dan manik-manik. Ditemukan juga peralatan dari batu yang berasal dari 6-12 ribu tahun yang lalu.
Selain ditemukan sisa fauna, alat-alat batu, dan cangkang moluska, ditemukan juga kuburan 10 kerangka manusia purba dengan ras Australomesoid di Gua Braholo yang dipercaya sebagai nenek moyang manusia yang hidup di Yogyakarta.
Selain bisa menikmati peninggalan arkeologi, Gua Braholo juga sering digunakan sebagai lokasi untuk susur gua oleh para pecinta alam. Karakteristik Gua Braholo sendiri memiliki 3 pitch, masing-masing memiliki kedalaman sekitar 35 meter, 6 meter, serta yang terakhir sekitar 2 meter dengan kemiringan 25 derajat.